Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

その他

フリー素材・イラストデザインなど

qiita.com

無料公開されている講義資料など

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 データ分析 機械学習 Deep learning 強化学習 Transformer/BERT 時系列分析 Bioinformatics データ分析 講義資料 – 九州大学 数理・データサイエンス教育研究センター 情報教育コンテンツリンク…

口頭発表資料作成のポイントリンク集

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 そろそろ卒業研究発表の準備をされる方も多いことかと思います。発表の準備について何らかの参考になれば幸いです。https://t.co/tctTwZFl8K— Takayuki Itoh (@1t0ocha) 2021年1月12日 Knowing h…

進学先・就職先としてのラボ選びで大事なこと

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 選んではいけないラボ – 国立・東京医科歯科大学AIシステム医科学 【Shimizu Lab】

研究内容を高めて(深めて)いくために大事なこと

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 Here are my 12 guidelines for data exploration and analysis with the right attitude for discovery:1. You never really finish analyzing a dataset. You just decide to stop and move on…

論文・グラント申請書作成のポイントリンク集

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 Academic writing Grant writing 英語論文作成ツール集 ジャーナルに論文を通すまで エピゲノム論文にありがちな間違いについて Conference abstract Recommendation letter Academic writing ア…

あけましておめでとうございます

本年も私とこのブログをよろしくお願いします。 と言いつつ、これからこのブログをどうしようかなあ、などと考えています。。 このブログを始めた当初はNGS解析のノウハウを記した日本語のWebサイトはRNA-seq関連くらいしかなく、ChIP-seqはMACSの使い方くら…

【Linux】リダイレクトとパイプ

リダイレクト > 記号を使うことで、ターミナルに出力される文字列をファイルに保存することができ、これをリダイレクトといいます。 $ echo aaa bbb aaa bbb $ echo aaa bbb > text.txt # echo aaa bbb の結果を text.txt に保存する $ cat text.txt aaa bbb…

【Ubuntu 18.04】 Rのバージョンを3.5.2にアップグレード

最近知ったツールがRの3.5以上を要求しているのだが、手元のUbuntu 18.04はRが3.4.4 だったので、3.5にアップグレードしました。 以下備忘録。 やってることは、aptで参照されるレポジトリにR3.5を含むレポジトリを追加した上で改めてRをインストールすると…

NGS界隈におけるプログラミング言語の競争について – 極めて主観的な見地から(1/30・31追記)

タイトルはこの有名な記事からもらいました。 自分の学生時代に講義で学んだプログラミング言語はCとPerl(とjavaとPostgreSQL)でしたが、状況はずいぶんと変わってきました。じゃあどういう時代になったの?というのを、自分が今いるNGS解析のフィールドか…

Error: libpng12.so.0 not found (VMware)

メモ。 VMwareにインストールしたUbuntu上で ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ のUCSC toolsを実行すると以下のエラーが出る。 error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file …

R in Anaconda にrJavaをインストール(8/15追記)

個人的につまったので忘備録。 anaconda は Linux (Ubuntu 16.04)上でpyenvを使ってインストールしているという前提です。 $ conda create -c r r-irkernel # anaconda内にRのインストール Rを起動してrJavaをインストールしようとするとエラーになる。 > in…