Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

品質評価

S/N比の評価手法 その4 SSP

時間がかかってしまいましたが、やっとSSPの登場です。 この記事は以下の記事の続きです。 S/N比の評価手法 その1 - Palmsonntagmorgen S/N比の評価手法 その2 Cross-correlation profile - Palmsonntagmorgen S/N比の評価手法 その3 deepTools - Palmsonnt…

S/N比の評価手法 その3 deepTools

今回はIHEC projectの公式品質評価ツールに採用されているdeepToolsについて解説します。 deepToolsとは deepToolsはChIP-seq, RNA-seq, MNase-seqなどの品質評価及び種々の可視化をするために作られたソフトウェアで、samtoolsやbamtoolsでは手の届かないよ…

S/N比の評価手法 その2 Cross-correlation profile

これは前回の記事の続きですので、未読の方はそちらから読んでください。 Cross-correlation profile Cross-correlation profile (以下CCP)はENCODEのグループによって提案されたS/N比計測手法です*1。 CCPは、順鎖ー逆鎖間のマップリード分布の「ずれ」を利…

S/N比の評価手法 その1

私が開発したChIP-seqの品質評価ツール"SSP"の論文がBioinformatics誌にアクセプトされました。 Sensitive and robust assessment of ChIP-seq read distribution using a strand-shift profile | Bioinformatics | Oxford Academic 本論文はbioRxivでも無料…

Library complexity (PCR bias)とは何か

前回の DROMPA3: その2 parse2wig - Palmsonntagmorgen で登場した評価指標である Library complexity (PCR bias) の解説です。 PCR biasとは クロマチン免疫沈降法(ChIP)で得られたリードをゲノムにマップすると、以下のようなマップリード分布が得られる…

SAMtoolsワンライナー覚書

順次追加するかも。versionは1.5です。 .sort.bam はソート済BAMを表します。 SAM -> BAM 変換 $ samtools view -bS sample.sam > sample.bam BAM -> SAM 変換 $ samtools view -h sample.bam > sample.sam BAMをソート $ samtools sort sample.bam > sample…