Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

解析環境構築

Singularityを使ったDocker環境の利用が楽ちんという話

今回も解析環境構築にまつわるお話です。 結論を先に書くと、Docker使うならSingularityオススメ! Singularityとは 7月に書いた下記エントリでは、Dockerを使うメリットについて簡単に説明しました。 rnakato.hatenablog.jp 一方、Dockerにはいくつか不満な…

【Win】【Mac】【Linux】Dockerのインストール 【2019年7月現在】

Dockerベースで提供されるパッケージの割合が目に見えて増えてきたように感じるので、簡単なまとめ。 Dockerとは Dockerとはマシン上に違うマシンを立ち上げるための仮想化技術です。 WindowsやMac上でLinux環境を立ち上げたり、Linux上に異なる複数のLinux…

【Windows10】Windows PreviewにリリースされたWSL2をインストールしてみた (7/9追記あり)

WIndows上でLinuxをエミュレートするWindows Subsystem for Linux (WSL)はDockerに不完全な対応だったのですが、完全対応の「WSL 2」がいつのまにか使えるようになっていたので、試してみました。 forest.watch.impress.co.jp Windows Insiderに登録 WSL2…

SSH公開鍵の生成・設定の方法

たかが公開鍵、されど公開鍵。「公開鍵 生成」でググるとたくさん出てくるんだけど、やり方が色々ありすぎて新人に適当に検索させるとあれこれ迷ってしまうので、ここにまとめておきます。 参考記事 【手順つき】SSHの公開鍵認証のやり方 Linuxコマンド【 ss…

【Ubuntu 18.04】 Rのバージョンを3.5.2にアップグレード

最近知ったツールがRの3.5以上を要求しているのだが、手元のUbuntu 18.04はRが3.4.4 だったので、3.5にアップグレードしました。 以下備忘録。 やってることは、aptで参照されるレポジトリにR3.5を含むレポジトリを追加した上で改めてRをインストールすると…

GitHubからプログラムをダウンロード・インストール

NGS解析のための新規ツールは日々論文で発表されており、それらのほとんどは世界中の人が無償で利用可能なライセンス形態になっています。 今日はその中でも多くの人に利用されている「GitHub」に公開されたツールのインストール方法を紹介します。 オープン…

バイオインフォマティクスのためのpython環境構築方法を考える (10/13追記あり)

先日、以下の記事でLinux上でのpython環境構築にはpyenvが良いと書いたのですが、 pyenvでPython環境を構築する - Palmsonntagmorgen 少し気が変わってきました。 以下、現状の考えをまとめます。 私もPythonにはそこまで詳しくないので、良い方法をご存じの…

pyenvでPython環境を構築する

ざっくりですが。 Pythonツールのインストール 最近はPythonで書かれたツール類が増えてきています。 pip や conda でツールをインストールできるのはエラーも少なく、大変便利ですね。 ただ、pythonは2系と3系があり、python2.xでしか動かないツール、pytho…