DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1 では以下のコマンドを実行しました。
$ drompa_draw PC_SHARP \ $ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3,,,200 \ $ -i parse2wigdir/H3K27me3,parse2wigdir/Input,H3K27me3,,,10 \ $ -i parse2wigdir/H3K36me3,parse2wigdir/Input,H3K36me3,,,10 \ $ -p K562 -gene refFlat.txt -gt genometable.txt -chr 1 -lpp 2
今回は-iで指定するデータの詳細について解説します。
-iの内容
-i で指定するのは、ChIPサンプルと対応するInputサンプルのペアのファイル名、及びそのペアに対するオプションをカンマ区切りで指定します。 具体的には以下の並びでDROMPAに考慮されます。1のChIPサンプル名以外は省略可ですが、カンマは省略できません。
- ChIPサンプルファイル名（必須）
- Inputサンプルファイル名
- ChIPサンプルラベル（図中で表記される名前）
- Peak BEDファイル（図中でハイライトされる領域）
- ビンサイズ
- y軸スケール（read行）
- y軸スケール（ChIP/Input ratio行）
- y軸スケール（p値行）
つまり以下の指定は、
$ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3,,,200
ChIP・Inputサンプルファイル名はそれぞれparse2wigdir/H3K4me3、parse2wigdir/Inputであり、ラベルはH3K4me3、read行のy軸スケールは200で、他の値についてはデフォルト値または全体のオプションで指定した値を用いるということになります。
それぞれの詳細
Peakファイルを指定した場合、BEDファイルで指定された領域を赤色でハイライトするようになります。指定しない場合、DROMPAが内部でピークコールを行います。これにより、例えば複数のピーク抽出ツールで得られたピーク領域の比較などができるようになります。
ビンサイズの指定は、例えばsharp peakは100bpだが、broad histone markについては1kbpで可視化したいというような場合に有用です。対応するInputファイルもそのbinsizeのwigデータが必要であることに注意してください。
フルで指定すると、以下のような感じになります。
$ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3,H3K4me3_peak.bed,1000,200,2,10
