前回の記事↓では、ブラウザからアクセスできるLinux GUI のDockerイメージを紹介しました。
このイメージを使って、Rstudio内でMonocle3をGUI起動できるイメージを作ったので紹介したいと思います。
イメージのダウンロード・起動
以下のコマンドでDockerイメージをダウンロードします。
$ docker pull rnakato/monocle3
その後、以下のコマンドで起動し、表示されるURLをブラウザに貼り付けることでGUIを起動します。
$ docker run --rm -it -p 6079:80 rnakato/monocle3
このようなLinuxのデスクトップ画面が開けます。
RStudioの起動
左下のメニュー内「プログラミング」の中にRStudioのリンクがあります。
（なおRStudioでなく普通のRを呼び出すこともできます。）
Rstudioが起動しました。
Monocle3呼び出し
このイメージにはMonocle3が既にインストールされていますので、 library(monocle3)でmonocle3を呼び出すことができます。
Monocle3のチュートリアルに沿って実行していくと、以下のようになります。
注意点
注意点として、このDockerイメージ外部でコピーしたテキストをDocker内でペーストすることはできませんので、チュートリアルのページをこのDocker内で閲覧するなどして、コマンドを貼り付けていく必要があります。 また、他のDockerイメージと同じく、コンテナを終了すると作業内容は消えてしまいますので、データを永続化したい場合はローカルフォルダと同期させるなどしてください。
おわりに
Monocle3はインストールが若干トリッキーなので、インストールに苦労している方もおられると思います。 チュートリアルを進めるくらいであればこのイメージで完結するかと思いますので、利用してみてください。 またMonocle3は作業の一部でGUIを必要とするため、Jupyterではうまく作業できない部分があります。そういう時にこのGUIイメージは有用になると思います。
もしご興味があれば使ってみてください。
