Linux一般
解析環境構築
SSHその2 ssh のパスワード入力を省略 (ssh-agent)
SSHその3 ssh の設定を保存 (.ssh/config)
バイオインフォマティクスのためのpython環境構築方法を考える
NGS解析のための共有サーバ環境構築を考える(2022年度版)
Docker・Singularity
【Win】【Mac】【Linux】Dockerのインストール 【2019年7月現在】
【Windows10】Windows PreviewにリリースされたWSL2をインストールしてみた
Singularityを使ったDocker環境の利用が楽ちんという話
Docker/Singularityでも環境の統一は難しいかもしれないという話
docker-ubuntu-vnc-desktopを使ってDockerイメージ (ssp_drompa) をGUIで動かす
Monocle3をRstudioで起動できる dorowu/ubuntu Dockerイメージ
Docker daemonが ルートディレクトリの容量を圧迫するのを回避する
データ生成
常染色体と性染色体のみのゲノム配列ファイル genome.fa を作成する
fetchChromSizes を使ってgenome tableファイルを作成
Gene annotation データを用意する(gtf形式)
fastqデータ取得
aria2を使ってENAから高速にfastq.gzを取得する
ゲノムマッピング
Readをゲノムにマッピング (その1) (2017/12/19 追記あり)
Readをゲノムにマッピング (その3) 圧縮ファイルを入力にする方法
マップデータ操作
ChIP-seq解析: DROMPA
DROMPA3: その3 ピーク抽出(peak calling)
DROMPA3: その6 ChIP/Input ratio 及び p値の可視化
DROMPAplus: Dockerを使ったparse2wig+
ChIP-seq解析: 品質評価
Library complexity (PCR bias)とは何か
S/N比の評価手法 その2 Cross-correlation profile
ChIP-seq解析: ピークを入力とする操作
RNA-seq解析:
HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう
HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう その2