Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

【Ubuntu 18.04】 Rのバージョンを3.5.2にアップグレード

最近知ったツールがRの3.5以上を要求しているのだが、手元のUbuntu 18.04はRが3.4.4 だったので、3.5にアップグレードしました。

以下備忘録。 やってることは、aptで参照されるレポジトリにR3.5を含むレポジトリを追加した上で改めてRをインストールするというものです。シンプル。

既存のRをアンインストール(必要ないかも?)

$ sudo apt remove --purge r-base r-base-core r-recommended
$ sudo apt autoremove

aptのレポジトリを追加

$ sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
$ sudo apt update

Rをインストール

$ sudo apt install r-base r-base-core r-recommended r-base-dev

Rを起動して

update.packages()  # 既存パッケージのアップデート

余談

最初追加したレポジトリをbionic-cran35でなくxenial-cran35 にしていたせいで libpng12-0がないですとか色々依存関係のエラーになってしまった。Ubuntuのバージョンはちゃんと確認しよう。