Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

2017-10-01から1ヶ月間の記事一覧

環境変数PATHの通し方

同内容の記事はたくさんありますが、やはり避けては通れないので… 環境変数PATHとは githubなどからツールを新たにダウンロードした場合、その実行ファイルを起動するには実行ファイルのありかを直接指定する必要があります。 $ ./bowtie2-2.2.9/bowtie2 の…

Bowtie2が system CPU を大量に消費している件で

Bowtie2の最新バージョンは2017/10/10 時点でVersion 2.3.3.1となっています。 Change logを見ると、version 2.3.0 において major updateが施され、 マルチスレッドを使用した場合のスケーラビリティを改善したとあります。 具体的には、利用するライブラリ…