Dockerのイメージを大量にビルドなどしていると、気づくとルート(/)の容量がいっぱいになっていることがあります。 $ df -h ファイルシス サイズ 使用 残り 使用% マウント位置 udev 126G 0 126G 0% /dev tmpfs 26G 2.5M 26G 1% /run /dev/sda3 275G 273G 0 …

5年前にこんな記事を書きました。 この時はPython2系と3系の共存（というか、Anaconda環境構築のベストプラクティス）に苦労していました。 rnakato.hatenablog.jp 今はほとんどPython3系のみで事足りますが、依然としてdependenciesの問題は解決されていま…

高速にマッピングできるchromap*1 の続きです。今回はHi-Cデータに対してマッピングし、BWAと比較します。 前回の記事はこちら rnakato.hatenablog.jp Hi-Cファイルの取得 今回はHaarhuisらのCell論文*2 のデータを使いました。ヒトHap1細胞でのHi-Cデータで…

スクリプトなどを用いずにLinuxのCUIコマンドのみで一行で行う処理（またはその処理を行うコマンド）のことをワンライナーと呼びます。 ここではゲノム解析に使うワンライナーを順次追加していきます。 一般的なファイル操作 $ ls workdir/ # workdirに含ま…

chromapは高速・高精度にリードをゲノムにマップするツールです*1。 既存ツールのbwaやbowtie2よりも遥かに高速だとのことなので、ここではChIP-seqデータを用いて使用法及び速度・精度面を確かめてみたいと思います。 chromapについて chromap は minimap2*…

Docker, Singularityが何かということを以下の記事で過去に紹介しました。 rnakato.hatenablog.jp rnakato.hatenablog.jp その後実験医学増刊号でもDockerを用いた私のシングルセル解析プラットフォームを紹介させていただきました。ここでも「Dockerは環境…