リード分布の可視化の続きです。 このエントリは↓の記事の続きになりますので、まだ読んでいない方は先にこちらを参照してください。 DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1 - Palmsonntagmorgen Input readの可視化 前回はChIPサンプルのみを可視化…

今日はシェル変数について。 前回の記事の「複数サンプルの可視化」の項で、以下のコマンドを実行しました。 $ drompa_draw PC_SHARP \ $ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3 \ $ -i parse2wigdir/H3K27me3,parse2wigdir/Input,H3K27me3 \ …

今回はDROMPA3のメイン機能であるマップリード分布の可視化を紹介します。 インストール DROMPA3のインストール方法についてはこの記事を参照してください。 Genome table作成 DROMPA3の実行にはGenome tableファイルが必要になります。 Genome tableの作成…

DROMPA3解説その3はピーク抽出（peak calling）です。ピーク抽出とは、ゲノムからreadが有意に濃縮している箇所を網羅的に同定する作業です。 インストール DROMPA3でのピーク抽出は、drompa_peakcall を使います。 DROMPA3のインストール方法についてはこの…

前回の DROMPA3: その2 parse2wig - Palmsonntagmorgen で登場した評価指標である Library complexity (PCR bias) の解説です。 PCR biasとは クロマチン免疫沈降法（ChIP）で得られたリードをゲノムにマップすると、以下のようなマップリード分布が得られる…

parse2wigはマッピングファイルを入力とし、Wig形式に変換してくれるツールです。 内部でPCR biasのフィルタ、Total readによる正規化、種々の品質評価も行います。 インストール DROMPA3のインストール方法についてはこの記事を参照してください。 単にpars…

今回からは私が開発したDROMPA3の利用法について解説します。 DROMPAとは ChIP-seq解析のためのパイプラインツールです。ピーク抽出の他、品質評価、可視化、複数サンプルの比較解析などができます。 複数のサンプルを同時に解析できること、pdf形式でデータ…

順次追加するかも。versionは1.5です。 .sort.bam はソート済BAMを表します。 SAM -> BAM 変換 $ samtools view -bS sample.sam > sample.bam BAM -> SAM 変換 $ samtools view -h sample.bam > sample.sam BAMをソート $ samtools sort sample.bam > sample…

同内容の記事はたくさんありますが、やはり避けては通れないので… 環境変数PATHとは githubなどからツールを新たにダウンロードした場合、その実行ファイルを起動するには実行ファイルのありかを直接指定する必要があります。 $ ./bowtie2-2.2.9/bowtie2 の…

Bowtie2の最新バージョンは2017/10/10 時点でVersion 2.3.3.1となっています。 Change logを見ると、version 2.3.0 において major updateが施され、 マルチスレッドを使用した場合のスケーラビリティを改善したとあります。 具体的には、利用するライブラリ…

SAMtools 先日紹介したリードのマッピングの記事では、出力をSAM形式に指定していました。 rnakato.hatenablog.jp SAM形式はファイルサイズが非常に大きく読み込みにも時間がかかるので、バイナリ形式のSAMであるBAM形式が下流解析でよく利用されています。 …

先日、以下の記事でLinux上でのpython環境構築にはpyenvが良いと書いたのですが、 pyenvでPython環境を構築する - Palmsonntagmorgen 少し気が変わってきました。 以下、現状の考えをまとめます。 私もPythonにはそこまで詳しくないので、良い方法をご存じの…

マッピングの記事その３。 Readをゲノムにマッピング (その１) - Palmsonntagmorgen Readをゲノムにマッピング (その２) - Palmsonntagmorgen 圧縮ファイル(fastq.gz)を直接マッピングの入力にする方法です。 圧縮ファイルのままマッピングしたい fastqファ…

メモ。 VMwareにインストールしたUbuntu上で ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ のUCSC toolsを実行すると以下のエラーが出る。 error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file …

個人的につまったので忘備録。 anaconda は Linux (Ubuntu 16.04)上でpyenvを使ってインストールしているという前提です。 $ conda create -c r r-irkernel # anaconda内にRのインストール Rを起動してrJavaをインストールしようとするとエラーになる。 > in…

前回の続きです。 Readをゲノムにマッピング (その１) (2017/12/19, 2018/11/19 追記あり) - Palmsonntagmorgen 今回ではbowtie, bowtie2, bwaのマッピングコマンドを説明します。 どのマッピングツールも、ゲノム配列をindex配列にまず変換し、そのindexに…

NGS解析の最初のステップは、シーケンサから出力されたfastq形式のリード配列をゲノム配列にマップするマッピングです。 これにより、ゲノム上のどの領域から得られたリードなのかを知ることができます。 マッピングツール ChIP-seq解析で主に用いられるマッ…

ざっくりですが。 Pythonツールのインストール 最近はPythonで書かれたツール類が増えてきています。 pip や conda でツールをインストールできるのはエラーも少なく、大変便利ですね。 ただ、pythonは2系と3系があり、python2.xでしか動かないツール、pytho…

前回のエントリでは、SRAからfastqを取得する方法を紹介しました。 SRAからfastqを取得する (2019/07/16 追記あり) - Palmsonntagmorgen 一方、ENA (European Nucleotide Archive) やDDBJから直接fastqファイルをダウンロードすることも可能です。 ENA Brows…

更新の間が随分空いてしまいました。 その間に２つの学会に参加してきたのですが、海外の解析手法の進化具合にずいぶん衝撃を受けました。 が、ここは予定通り初歩的な作業から説明していきたいと思います。 今日はSRA(Sequence Read Archive) からfastqファ…

2bit genome はゲノム配列ファイルを2bit （バイナリ）形式で格納したものです。 2bit 形式はテキストエディタで開くことはできませんが、multifasta 形式よりも非常に高速にプログラムに読みこむことができるため、 ゲノム解析ツールを使う際にまれに 2bit …

UCSC genome browserからダウンロードした ゲノム配列データにはコンティグ配列なども含まれていますが、これらは通常ゲノムの解析には用いません。 そこでこれらを除去し、常染色体と性染色体のみのゲノム配列ファイル genome.fa を作成します。 ここではhg…

genome table はゲノム中に存在する各染色体の名前とその長さをタブ区切りで記述したファイルで、DROMPA や bedtools などの解析ツールを使う時に必要になります。 UCSC genome browserの *.chrom.sizes ファイルをダウンロードしてもいいのですが、自分で自…