そういえばDROMPAplusの紹介記事を全然書いていないことに気づきました。 最近はDockerイメージからのDROMPAplusの使い方をたびたび質問いただくので、今日はDockerを使ったDROMPAplusの使い方を紹介します。 なお、旧バージョンのDROMPA3とDROMPAplusの違い…

少し前になりますが、DROMPA3のアップデートであるDROMPAplusを正式にリリースしました。 DROMPAplus: a pipeline tool for ChIP-seq analysis — DROMPAplus 1.4.0 documentation 今回はその記事です。 Reference 4月に以下の論文を公開しました。ChIP-seq解…

更新間隔があいてしまいすみません。 論文書いたり博論審査したり、色々大変です。 今日はDockerのお話です。 最近以下のようなツイートを見つけました。 確かに、このdocker image面白い。このdocker imageをrunすると、こんな感じでブラウザやVNCからdocke…

久しぶりのDROMPAのエントリです。今回は出芽酵母（S. cerevisiae）の複製解析を行います。複製開始後のDNAを複製前のDNAで割り算することで、ゲノム上のどこでどの程度複製フォークが進んでいるかを可視化することができます。 データは以下の論文のものを…

今回はDROMPAを用いたヒートマップの描画について説明します。 HEATMAPコマンド(TSS周辺) 前回の記事では、DROMPAを用いたリードプロファイルの描画について解説しました。 rnakato.hatenablog.jp 使ったコマンドは以下のようなものです。（詳しくは前回の記…

DROMPA3を用いたリードプロファイルの描画です。 ここでプロファイルと呼んでいるものは、遺伝子回り、あるいはピーク回りにおけるマップリードの平均分布のことで、aggregation plotと呼ばれることもあります。 全遺伝子や全ピークの平均値として見ることに…

今回は、全染色体を１行でマクロに可視化するGVコマンドを使います。なおGVはGlobal viewの略です。 parse2wig 今回はROADMAP web portalからダウンロードしたK562細胞のヒストン修飾データ一式を使います。 以下のコマンドでtagAlignファイルをダウンロード…

リード分布の可視化の続きです。 このエントリは↓の記事の続きになりますので、まだ読んでいない方は先にこちらを参照してください。 DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1 - Palmsonntagmorgen Input readの可視化 前回はChIPサンプルのみを可視化…

今日はシェル変数について。 前回の記事の「複数サンプルの可視化」の項で、以下のコマンドを実行しました。 $ drompa_draw PC_SHARP \ $ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3 \ $ -i parse2wigdir/H3K27me3,parse2wigdir/Input,H3K27me3 \ …

今回はDROMPA3のメイン機能であるマップリード分布の可視化を紹介します。 インストール DROMPA3のインストール方法についてはこの記事を参照してください。 Genome table作成 DROMPA3の実行にはGenome tableファイルが必要になります。 Genome tableの作成…

DROMPA3解説その3はピーク抽出（peak calling）です。ピーク抽出とは、ゲノムからreadが有意に濃縮している箇所を網羅的に同定する作業です。 インストール DROMPA3でのピーク抽出は、drompa_peakcall を使います。 DROMPA3のインストール方法についてはこの…

前回の DROMPA3: その2 parse2wig - Palmsonntagmorgen で登場した評価指標である Library complexity (PCR bias) の解説です。 PCR biasとは クロマチン免疫沈降法（ChIP）で得られたリードをゲノムにマップすると、以下のようなマップリード分布が得られる…

parse2wigはマッピングファイルを入力とし、Wig形式に変換してくれるツールです。 内部でPCR biasのフィルタ、Total readによる正規化、種々の品質評価も行います。 インストール DROMPA3のインストール方法についてはこの記事を参照してください。 単にpars…

今回からは私が開発したDROMPA3の利用法について解説します。 DROMPAとは ChIP-seq解析のためのパイプラインツールです。ピーク抽出の他、品質評価、可視化、複数サンプルの比較解析などができます。 複数のサンプルを同時に解析できること、pdf形式でデータ…