ざっくりですが。 Pythonツールのインストール 最近はPythonで書かれたツール類が増えてきています。 pip や conda でツールをインストールできるのはエラーも少なく、大変便利ですね。 ただ、pythonは2系と3系があり、python2.xでしか動かないツール、pytho…

前回のエントリでは、SRAからfastqを取得する方法を紹介しました。 SRAからfastqを取得する (2019/07/16 追記あり) - Palmsonntagmorgen 一方、ENA (European Nucleotide Archive) やDDBJから直接fastqファイルをダウンロードすることも可能です。 ENA Brows…

更新の間が随分空いてしまいました。 その間に２つの学会に参加してきたのですが、海外の解析手法の進化具合にずいぶん衝撃を受けました。 が、ここは予定通り初歩的な作業から説明していきたいと思います。 今日はSRA(Sequence Read Archive) からfastqファ…