Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

2018-01-01から1ヶ月間の記事一覧

NGS界隈におけるプログラミング言語の競争について – 極めて主観的な見地から(1/30・31追記)

タイトルはこの有名な記事からもらいました。 自分の学生時代に講義で学んだプログラミング言語はCとPerl(とjavaとPostgreSQL)でしたが、状況はずいぶんと変わってきました。じゃあどういう時代になったの?というのを、自分が今いるNGS解析のフィールドか…

BEDtoolsワンライナー覚書

BEDtoolsの作者は開発熱心なので、できることがどんどん増えているような気がします。 手元のバージョンはv2.27.1です。 前準備 多くのコマンドはsorted BEDを要求しますので、事前に以下のコマンドで全てのBEDをソートしておくとストレスがないかと思います…

DROMPA3: その7 -i オプション詳細

DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1 では以下のコマンドを実行しました。 $ drompa_draw PC_SHARP \ $ -i parse2wigdir/H3K4me3,parse2wigdir/Input,H3K4me3,,,200 \ $ -i parse2wigdir/H3K27me3,parse2wigdir/Input,H3K27me3,,,10 \ $ -i parse2…