メモ。 VMwareにインストールしたUbuntu上で ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ のUCSC toolsを実行すると以下のエラーが出る。 error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file …

個人的につまったので忘備録。 anaconda は Linux (Ubuntu 16.04)上でpyenvを使ってインストールしているという前提です。 $ conda create -c r r-irkernel # anaconda内にRのインストール Rを起動してrJavaをインストールしようとするとエラーになる。 > in…

前回の続きです。 Readをゲノムにマッピング (その１) (2017/12/19, 2018/11/19 追記あり) - Palmsonntagmorgen 今回ではbowtie, bowtie2, bwaのマッピングコマンドを説明します。 どのマッピングツールも、ゲノム配列をindex配列にまず変換し、そのindexに…

NGS解析の最初のステップは、シーケンサから出力されたfastq形式のリード配列をゲノム配列にマップするマッピングです。 これにより、ゲノム上のどの領域から得られたリードなのかを知ることができます。 マッピングツール ChIP-seq解析で主に用いられるマッ…