Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

記事一覧

Linux一般

文字列の検索・置換

リダイレクトとパイプ

sortコマンドの使い方(ファイルのソート)

shuf: テキストファイルの行をランダム抽出

2つのファイルの共通行を抽出する 

Linux ワンライナー覚書

解析環境構築

環境変数PATHの通し方

SSH公開鍵の生成・設定の方法

SSHその2 ssh のパスワード入力を省略 (ssh-agent)

SSHその3 ssh の設定を保存 (.ssh/config)

【Ubuntu】パッケージ管理コマンドあれこれ

pyenvでPython環境を構築する

バイオインフォマティクスのためのpython環境構築方法を考える

NGS解析のための共有サーバ環境構築を考える(2022年度版)

GitHubからプログラムをダウンロード・インストール

Docker・Singularity

 【Win】【Mac】【Linux】Dockerのインストール 【2019年7月現在】

【Windows10】Windows PreviewにリリースされたWSL2をインストールしてみた

Singularityを使ったDocker環境の利用が楽ちんという話

Docker/Singularityでも環境の統一は難しいかもしれないという話

docker-ubuntu-vnc-desktopを使ってDockerイメージ (ssp_drompa) をGUIで動かす

Monocle3をRstudioで起動できる dorowu/ubuntu Dockerイメージ

データ生成

常染色体と性染色体のみのゲノム配列ファイル genome.fa を作成する

2bit genome を作成する

genome tableを作成する

fetchChromSizes を使ってgenome tableファイルを作成

Gene annotation データを用意する(gtf形式)

gtfファイルからrefFlat形式への変換

LiftOver: BEDファイルを異なるbuildへ変換

fastqデータ取得

SRAからfastqを取得する

ENA,DDBJからfastqを取得する

ゲノムマッピング

Readをゲノムにマッピング (その1) (2017/12/19 追記あり)

Readをゲノムにマッピング (その2)

Readをゲノムにマッピング (その3) 圧縮ファイルを入力にする方法

chromapを試す(その1)

chromapを試す(その2)

マップデータ操作

SAMtoolsとリダイレクト

SAMtoolsワンライナー覚書

マッピング: CRAM形式を試す

ChIP-seq解析: DROMPA

DROMPA3: その1 インストール

DROMPA3: その2 parse2wig

DROMPA3: その3 ピーク抽出(peak calling)

DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1

DROMPA3: その5 シェル変数を使う

DROMPA3: その6 ChIP/Input ratio 及び p値の可視化

DROMPA3: その7 -i オプション詳細

DROMPA3: その8 GVコマンドでのマクロな可視化

DROMPA3: その9 リードプロファイル

DROMPA3: その10 ヒートマップ

DROMPA3: その11 複製解析(出芽酵母)

DROMPAplusを公開しました

DROMPAplus: Dockerを使ったparse2wig+

ChIP-seq解析: 品質評価

Library complexity (PCR bias)とは何か

S/N比の評価手法 その1

S/N比の評価手法 その2 Cross-correlation profile

S/N比の評価手法 その3 deepTools

S/N比の評価手法 その4 SSP

ChIP-seq解析: ピークを入力とする操作

BEDtoolsワンライナー覚書

2サンプル間ピーク比較

RNA-seq解析:

RNA-seqによる発現量解析

HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう

HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう その2

STAR-RSEMによる発現量推定 その1

STAR-RSEMによる発現量推定 その2

STAR-RSEMによる発現量推定 その3

その他:

論文・グラント申請書作成のポイントリンク集

口頭発表資料作成のポイントリンク集

Analysis Tips

無料公開されている講義資料など

研究内容を高めて(深めて)いくために大事なこと

進学先・就職先としてのラボ選びで大事なこと

無料公開されている講義資料など

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データ分析

講義資料 – 九州大学 数理・データサイエンス教育研究センター

情報教育コンテンツリンク集 | 東京大学 数理・情報教育研究センター

seeing-theory.brown.edu

高等学校情報科「情報Ⅱ」教員研修用教材(本編):文部科学省

機械学習

はじめに — 機械学習帳

Machine Learning Cheatsheets

機械学習を「社会実装」するということ 2023年版 / Social Implementation of Machine Learning 2023 - Speaker Deck

Deep learning

Deep Learning Drizzle

Deep Learning for Data Integration | by Nikolay Oskolkov | Towards Data Science

強化学習

www.slideshare.net

Transformer/BERT

時系列分析

Bioinformatics

Analysis Tips

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Data Visualization

plotly.expressのお気に入りグラフ3選 - Qiita

www.data-to-viz.com

Data analysis

Data Science Cheatsheets

R analysis

Tidy-transcriptomics manifesto - Tidy transcriptomics

Python analysis

github.com

はじめに — Python早見帳

100本ノック

GitHub - rougier/numpy-100: 100 numpy exercises (with solutions)

GitHub - The-Japan-DataScientist-Society/100knocks-preprocess: データサイエンス100本ノック(構造化データ加工編)

qiita.com

口頭発表資料作成のポイントリンク集

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