前回の記事↓の続きです。 STAR-RSEMによる発現量推定 その１ - Palmsonntagmorgen Stranded/Unstranded RNA-seq RNA-seqにはunstrandedとstranded の二種類があります。unstrandedの場合はmRNAに対して半々の確率で順鎖と逆鎖が読まれ、stranded の場合は逆…

私が普段使っているSTAR, RSEMを使った発現量推定法を紹介します。 あまり最新のアップデート情報などをフォローできていないので、もっと良いやり方をご存知の方はご教示ください。 ここでは例題として、ヒトES細胞とHUVEC細胞をペアエンドで読んだサンプル…

RNA-seq解析の記事を書こうとしたらgtfファイルの部分が長くなり過ぎたので単独記事にしました。 Gene annotation 既知遺伝子の情報を記載するファイルにはいくつかの形式があり、gtf形式はそのひとつです。 よく似たgff形式というものもありますが、微妙に…