Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

2022-08-01から1ヶ月間の記事一覧

Docker daemonが ルートディレクトリの容量を圧迫するのを回避する

Dockerのイメージを大量にビルドなどしていると、気づくとルート(/)の容量がいっぱいになっていることがあります。 $ df -h ファイルシス サイズ 使用 残り 使用% マウント位置 udev 126G 0 126G 0% /dev tmpfs 26G 2.5M 26G 1% /run /dev/sda3 275G 273G 0 …

NGS解析のための共有サーバ環境構築を考える(2022年度版)(2022/9/12追記)

5年前にこんな記事を書きました。 この時はPython2系と3系の共存(というか、Anaconda環境構築のベストプラクティス)に苦労していました。 rnakato.hatenablog.jp 今はほとんどPython3系のみで事足りますが、依然としてdependenciesの問題は解決されていま…

chromapを試す(その2)

高速にマッピングできるchromap*1 の続きです。今回はHi-Cデータに対してマッピングし、BWAと比較します。 前回の記事はこちら rnakato.hatenablog.jp Hi-Cファイルの取得 今回はHaarhuisらのCell論文*2 のデータを使いました。ヒトHap1細胞でのHi-Cデータで…