Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

雑文

NGS解析のための共有サーバ環境構築を考える(2022年度版)(2022/9/12追記)

5年前にこんな記事を書きました。 この時はPython2系と3系の共存(というか、Anaconda環境構築のベストプラクティス)に苦労していました。 rnakato.hatenablog.jp 今はほとんどPython3系のみで事足りますが、依然としてdependenciesの問題は解決されていま…

Docker/Singularityでも環境の統一は難しいかもしれないという話

Docker, Singularityが何かということを以下の記事で過去に紹介しました。 rnakato.hatenablog.jp rnakato.hatenablog.jp その後実験医学増刊号でもDockerを用いた私のシングルセル解析プラットフォームを紹介させていただきました。ここでも「Dockerは環境…

あけましておめでとうございます

本年も私とこのブログをよろしくお願いします。 と言いつつ、これからこのブログをどうしようかなあ、などと考えています。。 このブログを始めた当初はNGS解析のノウハウを記した日本語のWebサイトはRNA-seq関連くらいしかなく、ChIP-seqはMACSの使い方くら…