SSHの記事その３です。ここまでの流れは以下の記事を参照してください。 rnakato.hatenablog.jp rnakato.hatenablog.jp 「その２」の記事で、 .ssh/configに以下を記入することでサーバ間のssh, scpをする際に秘密鍵、パスワードの入力が不要になると述べま…

諸事情によりまたしばらく基礎的な内容になります。 クラウドサービス含め、サーバに接続する時にはセキュリティ面を考えて公開鍵方式のSSHを利用するのが一般的です。 公開鍵については過去に記事にしています。 rnakato.hatenablog.jp しかしサーバに接続…

随時追加します。Tweetはクリックするとスレッドが読めます。 Academic writing Grant writing 英語論文作成ツール集 ジャーナルに論文を通すまで エピゲノム論文にありがちな間違いについて Conference abstract Recommendation letter Academic writing ア…

以前書いた以下のエントリでは、genome配列ファイルからgenome tableファイルを作成する方法を紹介しました。 rnakato.hatenablog.jp UCSCから提供されているfetchChromSizes を使うと、この作業をより簡便に行うことが可能です。 fetchChromSizesのインスト…

そういえばDROMPAplusの紹介記事を全然書いていないことに気づきました。 最近はDockerイメージからのDROMPAplusの使い方をたびたび質問いただくので、今日はDockerを使ったDROMPAplusの使い方を紹介します。 なお、旧バージョンのDROMPA3とDROMPAplusの違い…

前回に続き、今回も小ネタです。 ２つの遺伝子リストファイルがあって、２ファイル間で共通する遺伝子名がいくつあるか調べたいとします。 $ ls genelist1.txt genelist2.txt $ cat genelist1.txt RNA5SP516 AC092299.1 EML3 ZNF492 AC093063.1 DDX17 SRIP1 …

shufは入力行をシャッフルして出力するコマンドです。 【 shuf 】コマンド――入力行をシャッフルして出力する：Linux基本コマンドTips（112） - ＠IT このshufに -nオプションを追加すると出力する行数を指定できます。これにより、たとえば「ピークファイル(…

以下の記事の中で、sortコマンドについて触れていました。 rnakato.hatenablog.jp 多くのコマンドはsorted BEDを要求しますので、事前に以下のコマンドで全てのBEDをソートしておくとストレスがないかと思います。 $ sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.b…

本年も私とこのブログをよろしくお願いします。 と言いつつ、これからこのブログをどうしようかなあ、などと考えています。。 このブログを始めた当初はNGS解析のノウハウを記した日本語のWebサイトはRNA-seq関連くらいしかなく、ChIP-seqはMACSの使い方くら…