2018-11-01から1ヶ月間の記事一覧
前回の記事の続きです。 HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう - Palmsonntagmorgen 発現量データ生成 前回の記事で発現量データを生成するのを忘れていたので、ここで生成します。stringtieを使います。 for prefix in ERR188044 ERR188104 ERR188234 E…
せっかくNature Protocolの論文があるので試してみよう企画。 Nature Protocolはスクリプトがそのまま載っているので、追試に最適です。 一方、古いライブラリが指定されていると手元の環境で動かなかったり、著者のレベルによってへんてこなスクリプトにな…
本業の方で色々忙しくなっておりまして、更新の間が開いてしまいました。 今回はRNA-seqについて語りたいと思います。 RNA-seqはChIP-seqよりもメジャーなので、日本語での解説ブログも充実していますが、情報が古いものだと今だにtophat-cufflinksを使って…
