リダイレクト > 記号を使うことで、ターミナルに出力される文字列をファイルに保存することができ、これをリダイレクトといいます。 $ echo aaa bbb aaa bbb $ echo aaa bbb > text.txt # echo aaa bbb の結果を text.txt に保存する $ cat text.txt aaa bbb…

久しぶりのDROMPAのエントリです。今回は出芽酵母（S. cerevisiae）の複製解析を行います。複製開始後のDNAを複製前のDNAで割り算することで、ゲノム上のどこでどの程度複製フォークが進んでいるかを可視化することができます。 データは以下の論文のものを…

今日はUbuntuのパッケージ管理についてです。 （11/21 alien について追記） apt / apt-get / aptitude 全て同じです。 最初にあったのは apt-get です。これはUbuntuの親にあたるDebianにおけるパッケージ管理システムです。 その後 aptitudeに移行しようと…

現在、研究室用の新人教育ページを作っているのですが、せっかく作ったので一部転載。 文字列を検索・置換するLinuxコマンドです。 grep: 文字列の検索 対象ファイルから特定の文字列を含む行だけを表示します。 $ grep hogehoge sample.txt # sample.txtの…

今回も解析環境構築にまつわるお話です。 結論を先に書くと、Docker使うならSingularityオススメ！ Singularityとは 7月に書いた下記エントリでは、Dockerを使うメリットについて簡単に説明しました。 rnakato.hatenablog.jp 一方、Dockerにはいくつか不満な…

Dockerベースで提供されるパッケージの割合が目に見えて増えてきたように感じるので、簡単なまとめ。 Dockerとは Dockerとはマシン上に違うマシンを立ち上げるための仮想化技術です。 WindowsやMac上でLinux環境を立ち上げたり、Linux上に異なる複数のLinux…

みなさんgtfファイルからrefFlatに変換する時ってどうされてるんですかね？Rを使っている？ 自分は自作のツール "gtf2refFlat" を使っているので、ここではそれを紹介します。 gtf形式については↓をご覧ください。 https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/…

WIndows上でLinuxをエミュレートするWindows Subsystem for Linux （WSL）はDockerに不完全な対応だったのですが、完全対応の「WSL 2」がいつのまにか使えるようになっていたので、試してみました。 forest.watch.impress.co.jp qiita.com Windows Insiderに…

たかが公開鍵、されど公開鍵。「公開鍵 生成」でググるとたくさん出てくるんだけど、やり方が色々ありすぎて新人に適当に検索させるとあれこれ迷ってしまうので、ここにまとめておきます。 参考記事 【手順つき】SSHの公開鍵認証のやり方 Linuxコマンド【 ss…

マップデータの形式にはSAM, BAMの他にCRAMという形式があります。 https://www.ga4gh.org/news/cram-compression-for-genomics/ CRAMはBAMと比べて更に高圧縮率だそうです。 今まであまり使う機会が無かったのですが、Twitterで Ewan Birneyさんが強く推し…

この度4月1日付で東京大学定量生命科学研究所の講師となりました。 大規模生命情報解析研究分野という名前で研究室を主宰します。 研究室HP: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/nakatolab/index.html 年度末営業と研究室異動のばたばたでこのブログも全く更新で…

前回の記事↓の続きです。 STAR-RSEMによる発現量推定 その１ - Palmsonntagmorgen STAR-RSEMによる発現量推定 その2 - Palmsonntagmorgen 前回のコマンドを最後まで完了すると、starディレクトリの中にstar/Myers_HUVEC_cell_2x75_200_1.<genes|isoforms>.results のようなフ</genes|isoforms>…

最近知ったツールがRの3.5以上を要求しているのだが、手元のUbuntu 18.04はRが3.4.4 だったので、3.5にアップグレードしました。 以下備忘録。 やってることは、aptで参照されるレポジトリにR3.5を含むレポジトリを追加した上で改めてRをインストールすると…