Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

記事一覧

解析環境構築

環境変数PATHの通し方

pyenvでPython環境を構築する - Palmsonntagmorgen

バイオインフォマティクスのためのpython環境構築方法を考える

データ生成

常染色体と性染色体のみのゲノム配列ファイル genome.fa を作成する - Palmsonntagmorgen

2bit genome を作成する - Palmsonntagmorgen

genome tableを作成する - Palmsonntagmorgen

 

fastqデータ取得

SRAからfastqを取得する - Palmsonntagmorgen

ENA,DDBJからfastqを取得する - Palmsonntagmorgen

 

ゲノムマッピング

Readをゲノムにマッピング (その1) - Palmsonntagmorgen

Readをゲノムにマッピング (その2) - Palmsonntagmorgen

Readをゲノムにマッピング (その3) 圧縮ファイルを入力にする方法 - Palmsonntagmorgen

 

マップデータ操作

SAMtoolsとリダイレクト

SAMtoolsワンライナー覚書

 

ChIP-seq解析: DROMPA

DROMPA3: その1 インストール

DROMPA3: その2 parse2wig