Palmsonntagmorgen

NGSデータを使った解析と、その周辺。

記事一覧

Linux一般

SSH公開鍵の生成・設定の方法

環境変数PATHの通し方

文字列の検索・置換

【Ubuntu】パッケージ管理コマンドあれこれ

解析環境構築

pyenvでPython環境を構築する

バイオインフォマティクスのためのpython環境構築方法を考える

GitHubからプログラムをダウンロード・インストール

【Win】【Mac】【Linux】Dockerのインストール 【2019年7月現在】

【Windows10】Windows PreviewにリリースされたWSL2をインストールしてみた

Singularityを使ったDocker環境の利用が楽ちんという話

データ生成

常染色体と性染色体のみのゲノム配列ファイル genome.fa を作成する

2bit genome を作成する

genome tableを作成する

gtfファイルからrefFlat形式への変換

LiftOver: BEDファイルを異なるbuildへ変換

fastqデータ取得

SRAからfastqを取得する

ENA,DDBJからfastqを取得する

ゲノムマッピング

Readをゲノムにマッピング (その1) (2017/12/19 追記あり)

Readをゲノムにマッピング (その2)

Readをゲノムにマッピング (その3) 圧縮ファイルを入力にする方法

マップデータ操作

SAMtoolsとリダイレクト

SAMtoolsワンライナー覚書

マッピング: CRAM形式を試す

ChIP-seq解析: DROMPA

DROMPA3: その1 インストール

DROMPA3: その2 parse2wig

DROMPA3: その3 ピーク抽出(peak calling)

DROMPA3: その4 マップリード分布の可視化その1

DROMPA3: その5 シェル変数を使う

DROMPA3: その6 ChIP/Input ratio 及び p値の可視化

DROMPA3: その7 -i オプション詳細

DROMPA3: その8 GVコマンドでのマクロな可視化

DROMPA3: その9 リードプロファイル

DROMPA3: その10 ヒートマップ

DROMPA3: その11 複製解析(出芽酵母)

ChIP-seq解析: 品質評価

Library complexity (PCR bias)とは何か

S/N比の評価手法 その1

S/N比の評価手法 その2 Cross-correlation profile

S/N比の評価手法 その3 deepTools

S/N比の評価手法 その4 SSP

ChIP-seq解析: ピークを入力とする操作

BEDtoolsワンライナー覚書

2サンプル間ピーク比較

RNA-seq解析:

RNA-seqによる発現量解析

HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう

HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう その2

STAR-RSEMによる発現量推定 その1

STAR-RSEMによる発現量推定 その2

STAR-RSEMによる発現量推定 その3